نحوه اعتراض به مالیات ارزش افزوده بدین صورت است: با مراجعه به سایت امور مالیاتی کشور به نشانی اینترنتی https://tax.gov.ir به بخش‌های مختلفی دسترسی پیدا خواهید کرد. با انتخاب گزینه ثبت الکترونیکی اعتراضات و شکایات صفحه جدیدی باز و نکات لازم جهت درج اعتراض یادآوری می‌شود. سپس با ورود به سامانه اعتراضات و شکایات، با دریافت نام کاربری و رمز عبور، اعتراض خود را نسبت به مالیات ارزش افزوده ثبت کنید.

مشاغل و اصناف معاف از مالیات بر ارزش افزوده بر اساس قانون عبارتند از:

کشاورزی و مشاغل مربوط به آماده سازی و بسته‌بندی محصولات آن
دامپروری و مشاغل مرتبط با تولید و نگهداری دام
کلیه فروشندگان کالاهای پرمصرف سبد تغذیه خانوار مانند: انواع گوشت و مرغ و ماهی، لبنیات، نانوایان، خواربار فروشان، میوه و سبزی فروشان، میادین میوه وتره بار
تولیدکنندگان و عرضه کنندگان غذای آماده مانند رستوران‌های بیرون‌بر

فعالان در حوزه کاغذ و مطبوعات و چاپ
تولیدکنندگان و تامین کنندگان مواد اولیه صنایع دستی مانند فرش دستبافت
لوازم دندانپزشکی، تجهیزات و لوازم پزشکی و توانبخشی
ارائه دهندگان خدمات پیشگیری، تشخیص، درمان و آرامستان‌ها
ارائه دهندگان خدمات بورس، بانک و بیمه
شاغلین در حوزه آموزش، پژوهش و انتشارات
فعالین در زمینه حمل و نقل و لیزینگ
شرکت‌های تامین نیروی انسانی و خدماتی
ارائه دهندگان خدمات هتل (۳ ستاره و کمتر) و مهمان‌پذیرها
مشاغل مربوط به تعمیر و نگهداری کالاهای نظامی، دفاعی و امنیتی

سازمان مالیاتی هر سال را به 4 دوره سه ماهه تقسیم می‌کند؛ به عبارت دیگر، دوره مالیاتی ارزش افزوده سه ماهه (فصلی) است. مودیان موظفند حداکثر 15 روز پس از پایان هر دوره اظهارنامه مالیات بر ارزش افزوده را تسلیم و کلیه اطلاعات مربوط به خرید و فروش‌های خود را به سازمان اعلام نمایند.

ماخذ محاسبه مالیات ارزش افزوده و عوارض بهای کالا و خدمات مندرج در صورتحساب است. به عبارت دیگر، قیمت‌های فروش ثبت شده از سوی سازمان‌ها و اتحادیه‌های ذی‌ربط در صورتحساب‌ها معیار محاسبه مالیات قرار می‌گیرد.

نکته: در صورتی که سازمان به صورتحساب مودی از طریق سامانه مودیان دسترسی نداشته باشد، قیمت روز کالا و خدمات ماخذ محاسبه مالیات است.

ماده‌های 35، 36 و 37 قانون دائمی مالیات بر ارزش افزوده به جرائم مالیات بر ارزش افزوده اعم از جریمه اظهارنامه ارزش افزوده، جریمه عدم پرداخت مالیات ارزش افزوده و سایر جرایم مرتبط با ارزش افزوده می‌پردازد. به این ترتیب در صورتی که مودی از انجام تکالیف مقرر خودداری نماید و یا از قوانین تخلف نماید، ضمن تسلیم اظهارنامه هر دوره مالیاتی، حداکثر تا یک ماه پس از پایان دوره، مشمول جرایم ارزش افزوده به شرح زیر خواهد بود:

پرداخت مالیات متعلق
پرداخت جریمه تاخیر

بموجب قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 1400/03/02 ، نحوه ثبت اعتراض به برگ قطعی مالیات ارزش افزوده ، به این صورت است که ابتدا می بایست برگ تشخیص مالیات یا برگ اعلام نتیجه رسیدگی یا برگ مطالبه یا استرداد صادر و به مودی ابلاغ شود؛ در صورتی مودی به مالیات تشخیص معترض باشد، موظف است ظرف ۲۰ روز از تاریخ  ابلاغ  با ارائه دلایل و اسناد و مدارک ، اعتراض خود را به صورت کتبی به سازمان مالیاتی اعلام و تقاضای تجدید رسیدگی نماید. که در بررسی اعتراض دو حالت اتفاق می افتد.

۱.دلایل و اسناد و مدارک ابرازی مودی مالیاتی و مستندات مضبوط در پرونده برای رد مندرجات برگ تشخیص و قبول تعدیل درآمد مشمول مالیات کفایت می‌ نماید؛ دراین صورت درآمد مشمول مالیات براساس اسناد و مدارک ابرازی تعیین می‌شود.

۲.دلایل و اسناد و مدارک ابرازی برای رد مندرجات برگ تشخیص و یا تعدیل درآمد مشمول مالیات کافی نیست؛ موضوع با بیان دلایل در پرونده منعکس و مراتب برای رسیدگی به هیئت حل اختلاف ارجاع می‌شود.

مهلت اعتراض به مالیات بر ارزش افزوده ۲۰ روز از تاریخ ابلاغ به مودی مالیاتی است.